특허로 수십억 세액공제를 받을 수 있다고?

안녕하세요! AI 읽어주는 변리사입니다.

대표님들, 인공지능이나 반도체 개발하는데 연구비(인건비, 장비 비용 등)을 수십억원을 지출하고 있는데, 연구비 지출액에서 최대 40%까지 세액공제를 받을 수 있다는 사실 알고 계셨나요? 이거 모르고 계셨다면 매년 법인세를 수십억원씩 더 내고 계신겁니다.

오늘은 연구개발비 세액 공제 제도와 어떻게 하면 특허로 세액공제라는 수익을 창출할 수 있는지 알려드리겠습니다.

📌 오늘의 핵심 팩트

대표님들, 인공지능이나 반도체 개발하는데 연구비(인건비, 장비 비용 등)을 수십억원을 지출하고 있는데, 연구비 지출액에서 최대 40%까지 세액공제를 받을 수 있다는 사실 알고 계셨나요.

PART 1. 정말 수십억원의 세액공제를 받는다고?

네, 그렇습니다.

국세청이 발간한 「2025년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인」 23페이지에 사례가 있습니다. 가이드라인의 사례는 다음과 같습니다.

<2025년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인 23페이지>

이 반도체 기업은 신성장 원천기술에 해당하여 연구개발비 8억에 대해 25%인 2억을 세액 공제 받았습니다.

여기서 흥미로운 비교가 하나 더 있습니다.

같은 가이드라인 22페이지에 (주)★★ 합성수지선 제조 중견기업이 등장합니다.

<**2025년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인** 22페이지>

같은 연구개발비 8억인데, 이 기업은 8천만원 밖에 세액 공제 받지 못했습니다. 왜 그럴까요?

그 이유는 합성수지선 제조업이라 신성장 원천기술에 해당하지 않기 때문입니다. 따라서, 신성장 원천기술에 해당하면 높은 세액 공제율을 적용 받지만, 그렇지 않다면 낮은 세액 공제율이 적용됩니다.

국세청 가이드라인의 연구개발비는 8억 밖에 되지 않습니다. 하지만, 인공지능, 반도체 기업들이라면 연구개발비로 수십억씩 지출하는 것은 일도 아닙니다. 지출이 많을수록 국세청에서는 돈을 더 많이 주는 세액 공제 제도를 운영하는데, 이 혜택을 놓치면 연간 몇십억을 벌 기회를 놓치는 겁니다.

PART 2. R&D 세액공제, 어떤 제도인가요?

조세특례제한법 제10조에 명시된 제도입니다.

연구개발 비용을 쓴 기업의 법인세에서 일정 비율을 직접 차감해 주는 구조입니다. 가이드라인이 정리한 공제율은 다음과 같습니다.

신성장·원천기술 R&D 비용 공제율

중소기업: 연구개발비 × 30%
중소 유예 종료 후 3년: 연구개발비 × 25%
중견기업: 연구개발비 × 20%

국가전략기술 R&D 비용 공제율

중소기업: 40%
중소 유예 종료 후 3년: 연구개발비 × 35%
중견기업: 연구개발비 × 30%

점점 기업규모가 커질수록 세액공제이 낮아지는 것을 확인하실 수 있습니다.

그렇다면 어떤 기술이 신성장 원천기술이고 어떤것이 국가전략기술일까요? 가이드라인을 확인해 보면 다음과 같습니다.

<**2025년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인** 16페이지>

인공지능, 반도체는 국가전략기술에 해당합니다. 따라서, 인공지능, 반도체 기업을 경영하시는 대표님은 이 세액 공제 혜택을 꼭 챙겨하는 것을 추천드립니다. 인공지능, 반도체 기업은 규모에 따라 다르겠지만 최대 40%까지 세액 공제를 받을 수 있기 때문입니다.

연구개발비를 50억 지출하셨다면 20억을 받는 거예요.

달콤하지 않나요?

PART 3. 그럼 어떻게 증빙해야 세액공제 받을 수 있을까요?

여기서부터가 가장 중요한 부분이 시작됩니다. 수억에서 수십억을 받을 수 있는데 국세청이 쉽게 이를 주진 않겠죠?

어떤 기준으로 증빙자료를 준비해야 할까요?

가이드라인 27~29페이지를 펼쳐보면 답이 명확하게 나와 있습니다.

OECD 프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual 2015, 제7판) 이라는 국제 기준이 있는데, 가이드라인이 이걸 그대로 채택해 연구개 활동 인정 기준으로 사용합니다.

*”특정 활동이 연구개발로 정의되기 위해서는 아래의 다섯 가지 기준, 신규성(novel), 창의성(creative), 불확실성(uncertain), 체계성(systematic) 그리고 이전가능성·재현가능성(transferable and reproducible)을 충족해야 함”

다섯 가지 기준을 가이드라인 원문 그대로 옮겨드립니다.

1. 신규성 (novel)

“연구개발 활동은 새로운 제품이나 공정 설계에 대한 새로운 개념이나 아이디어의 개발을 목적으로 함. 기업이 연구개발 활동의 결과로 이미 업계에 알려진 지식을 습득하게 된다면 신규성이 없지만, 연구개발 수행으로 기존과 차별화된 결과물이 도출되면 신규성 인정 가능”

이 신규성은 특허법에서도 비슷한 내용을 규정되어 있습니다.

2. 창의성 (creative)

“연구개발 활동은 기존 지식을 개선하는 새로운 개념이나 아이디어의 창출을 목적으로 함”

창의성은 특허법상 진보성에 대응할 수 있겠습니다.

3. 불확실성 (uncertain)

“연구개발은 다양한 측면의 불확실성을 지님. 종래 기술을 단순 변용하여 고객의 요구사항을 충족하는 제품을 제작하는 활동은 연구개발 활동이 아님(결과의 불확실성 부재). 높은 실패위험을 갖는 기술적 개념을 검증하기 위한 시제품 제작은 예상치 못한 결과를 낳을 수 있기 때문에 불확실성이 있음”

불확실성은 특허 명세서에서 종래 기술의 문제점에 해당합니다.

4. 체계성 (systematic)

“연구개발이 계획된 방법대로 수행되고, 진행된 프로세스와 결과물이 기록됨”

체계성은 특허 명세서의 상세한 설명에서 청구항에 기재된 발명의 다양한 실시예에 대응합니다.

5. 이전가능성·재현가능성 (transferable, reproducible)

“다른 연구원들이 연구활동 결과를 재현(성공, 실패 모두)할 수 있어야 함. 지식재산권을 획득하는 것, 학술지에 연구결과를 발표하는 것, 실험 결과를 정리하여 문서화시키는 것은 이전가능성이 있음”

여기서 다섯 번째 기준이 눈에 띕니다. ‘지식재산권 획득’이 이전가능성의 증거라고 국세청이 못박은 겁니다. 즉, 특허권이 있다면 5번 요건은 그대로 충족하게 되는 것이죠.

PART 4. 변리사가 보는 인사이트 — 특허 신규성·진보성과 닮아있다

다섯 가지 기준을 다시 봅시다.

오랫동안 특허 명세서를 작성한 변리사라면 이 기준이 친숙하실 겁니다. 특허 등록 요건과 사실상 같은 잣대입니다.

R&D 세액공제 인정 기준	특허권
신규성 (novel)	신규성 (특허법 제29조 1항)
창의성 (creative)	진보성 (특허법 제29조 2항)
불확실성 (uncertain)	기술적 사상의 창작, 종래 기술의 문제점
체계성 (systematic)	명세서 기재 요건
이전가능성·재현가능성	실시가능성

서로 다른 법령이지만 요구하는 본질은 동일합니다.

이게 무슨 의미일까요?

여러분이 수행한 연구개발 활동의 결과물로서 특허권을 확보한 상태라면, R&D 세액공제 인정 기준을 거의 자동으로 충족한다는 뜻입니다. 반대로 연구내용이 특허 받기 어려운 수준이면, 세액공제도 인정받기 어렵습니다.

게다가 가이드라인이 직접 “지식재산권 획득 = 이전가능성 증거” 라고 명시했습니다. 즉, 특허 출원 한 줄이 연구개발 활동 인정의 가장 강력한 증거가 됩니다.

즉, 이 부분은 해당 기술 분야에 경험이 많은 전문적인 변리사가 검토를 해야 하는 부분입니다. 쉽게 말해, 회사의 수만장에 달하는 연구개발 자료를 검토하고, ‘이 활동이 진짜 세액 공제를 받을 수 있는 연구개발인가’의 판정 및 근거 설명 자료 작성은 변리사가 심도 있는 이해로 완성할 수 있습니다.

PART 5. 국세청에서 공개한 소프트웨어 인정·불인정 사례

그럼 세액 공제를 못받은 경우가 있을까요? 네 많습니다. 국세청 가이드라인이 직접 공개한 사례를 볼게요. 인공지능 분야는 소프트웨어의 일 분야이므로, 소프트웨어 분야를 중심으로 설명드리겠습니다.

인정받지 못한 사례 (가이드라인 52~53페이지)

불인정 ① — 소프트웨어 개선 활동

단순하게 오픈 소스를 업데이트하거나, 신규성/창의성 등이 없으면 연구개발 활동으로 불인정합니다. 즉, 특허법상 신규성/진보성이 인정되지 않는 연구이면 세액 공제가 인정되는 연구개발활동으로 보기 어렵다는 것입니다.

<2025년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인 53페이지>

따라서, 더더욱 연구개발활동에 대해 특허권이 있다면 이렇게 불인정되는 불상사를 막을 수 있겠죠?

불인정 ② — 이관받은 기술을 적용하는 활동

<2025년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인 53페이지>

구매한 프로그램에서 단순하게 보완, 변형하는 정도는 세액 공제로 인정 받기 힘듭니다. 하지만, 어느 정도로 보완, 변형해야 하는지 그 정도가 매우 추상적이죠? 이러한 고민을 말끔하게 해결하는 것이 바로 특허권으로서 증빙하는 것입니다.

만약 특허권이 없다면, 회사의 연구개발이 왜 단순한 보완, 변형이 아니고, 신규성/창의성 등이 아닌지 상세히 증빙하는 문서를 만들 필요가 있습니다.

불인정 ③ — 타사 문헌을 인용한 연구개발 활동

<2025년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인 53페이지>

예를 들어, 단순하게 타사의 기술을 이용했다는 정도는 세액 공제를 받기 힘든 것으로 보입니다.

세 사례를 관통하는 키워드는 ‘동일성’, ‘단순 적용’, ‘단순 인용’ 입니다. 변리사 관점에서 보면, 모두 신규성·진보성 흠결로 특허도 받기 어려운 케이스입니다.

인정받은 사례 (가이드라인 50~51페이지)

그렇다면 세액 공제를 인정 받은 사례도 있겠죠? 한 번 살펴보도록 하겠습니다.

인정 ① — 기존 프로그램을 모바일 기반으로 변형하는 활동

“기술적 불확실성 및 해결하기 위한 체계적·창의적·실험적 활동을 확인하여 연구개발로 인정. 기술 검증, 프로토타입 제작 및 이전 시스템과 호환성·데이터 무결성 등을 보장 활동, 체계적인 테스트 활동이 확인될 경우 연구개발 활동으로 인정”

인정 ② — 소프트웨어 라이브러리 커스터마이징 활동

“범용 시스템에서 제공하는 라이브러리를 이용해서 자사 제품의 드론을 제어하기 위한 라이브러리 개발 활동이 범용 라이브러리와 동일성을 유지하는 범위에서 단순하게 개작하는 활동이 아닌, 드론 제어를 위한 차별화된 관제 시스템 개발을 위해 범용 시스템에서 제공하던 라이브러리를 활용한 것일 뿐 드론 제어, 기록, 모니터링 기능 개발 및 시험·테스트 및 버전 관리 등 체계적인 연구개발 활동이 확인되어 인정”

인정 ③ — UX 인터랙션 디자인 개발 활동

“데이터 수집 및 분석, 서비스 모델 디자인, 테스트 등 체계적 과정이 확인되고 차별화된 서비스 및 서비스 전달체계 개발이나 기술적 불확실성에 대한 창의적인 해결책이 확인되면 연구개발 활동으로 인정”

세 사례의 공통점은 ‘차별화 + 체계적 기록’ 입니다.

같은 라이브러리를 사용해도 ‘차별화된 관제 시스템’ 이라는 결과물이 있고, ‘체계적인 테스트·기록’ 이 있으면 인정됩니다. 윈도우 기반에서 모바일로 옮기는 작업도 ‘호환성 검증, 무결성 보장 활동, 체계적 테스트’ 가 있어야 인정됩니다.

불인정 사례와 인정 사례의 가장 큰 차이점이 뭘까요? 팩트만 보면 불인정 사례, 인정 사례 모두 오픈소스를 이용했는데 왜 결과가 달라졌을까요? 국세청 가이드라인 사례만 보고서는 과연 나의 회사에 적용할 수 있을까 라는 의문이 들 수 있습니다.

이 때 조금이나마 명확한 기준을 드리자면, 인정 사례는 모두 특허권을 받을 수 있는 수준의 차별화가 있습니다. 차별화가 있다는 것은 신규성, 창의성 등이 인정되었다는 것이고, 이는 곧 특허법상 신규성, 진보성을 충족한다는 것으로 일맥상통하기 때문입니다.

PART 6. 연구보고서를 어떻게 작성해야 할까

가이드라인은 모든 R&D 세액공제 신청 기업에 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트의 작성과 보관을 의무화합니다(조세특례제한법 시행령 제9조제13항).

“법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성·보관해야 한다. (…) 해당 과세연도의 종료일로부터 5년 동안 보관해야 한다.”

(가이드라인 24페이지)

그럼 이 보고서를 어떻게 써야 할까요? 변리사 관점에서 인사이트 네 가지를 드립니다.

인사이트 1. 기존 기술의 한계를 먼저 적으세요

특허 명세서에는 ‘종래 기술’ 칸이 반드시 있습니다. 무슨 기술이 이미 있고, 무엇이 부족한지 명확히 적는 부분입니다.

연구보고서도 같습니다. 현재 어떤 기술이 있고, 무엇이 부족해서 연구를 시작했는지 첫 단락에 적으세요. 이게 신규성과 창의성을 입증하는 출발점입니다.

인사이트 2. 결과물을 외부 입증 자료로 남기세요

가이드라인이 직접 적었습니다.

“지식재산권을 획득하는 것, 학술지에 연구결과를 발표하는 것, 실험 결과를 정리하여 문서화시키는 것은 이전가능성이 있음”

연구가 진행되는 동시에 특허 출원을 같이 진행하세요. 특허 출원은 논문과 달리 반드시 연구 결과물이 있어야 등록되는 것은 아닙니다. 아이디어 개발 단계에서도 구체적인 내용이 있고 신규성, 진보성이 있다면 충분히 특허권 확보가 가능합니다.

PART 7. 실행 체크리스트

연구개발 비용 세액공제, 받으실 수 있는지 5분 자가진단:

우리 회사의 R&D 활동이 기존 기술과 차별화된 결과를 도출하고 있는가? (신규성)
새로운 개념·아이디어의 창출을 목적으로 하는가? (창의성)
결과·비용·시간이 예측 불가능한 영역인가? (불확실성)
계획된 방법대로 수행되고 연구노트로 기록되고 있는가? (체계성)
결과를 제3자가 재현 가능한 수준으로 문서화했는가? (재현가능성)
해당 연구개발 결과로 특허 출원·등록을 진행하고 있는가? (이전가능성 증거)
연구개발계획서·보고서·연구노트를 5년간 보관하고 있는가?

특허권이 없으시다면, 수년간 쌓아둔 연구개발 수만장의 문서에 대해 변리사가 검토한 후, 어떤 부분4 연구 과제로 뽑아서 신규성과 창의성을 어필할지 결정하여 세액 공제의 근거 자료를 만들게 됩니다.

마치며

오늘 함께 본 자료는 모두 국세청이 직접 공개한 「2025년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인」 에서 가져왔습니다.

핵심을 세 줄로 정리합니다.

첫째, 연구개발 비용은 분류에 따라 40%까지 법인세에서 직접 차감됩니다. 연구개발비 50억이면 20억이 법인세에서 차감됩니다.

둘째, 세액 공제 인정 기준은 OECD 프라스카티 매뉴얼의 다섯 가지 기준인데, 이 기준은 특허 등록 요건과 본질적으로 같습니다.

셋째, 인정받느냐 못 받느냐는 연구보고서와 증빙 자료의 품질에 달려있습니다. 그리고 가장 강력한 외부 증거가 특허권입니다.

여러분 회사의 R&D 활동이 다섯 가지 기준을 충족하는지, 그리고 보유 특허가 그 입증 자료로 활용될 수 있는지 꼭 전문가와 상담하세요.

지금까지 AI 읽어주는 변리사였습니다.

참고자료

국세청, 「2025년 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인」, 2025년 9월
조세특례제한법 제10조 (연구·인력개발비에 대한 세액공제)
조세특례제한법 시행령 제9조 / 별표 6, 별표 7, 별표 7의2
조세특례제한법 시행규칙 별지 제3호 서식
OECD Frascati Manual 2015 (제7판)
서울행정법원 2018구합83543 판결 (2020.5.8.)
서울행정법원 2016구합56905 판결 (2017.7.13.)

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이진호 변리사 · AI 읽어주는 변리사

수백 건의 AI 기술 특허 업무를 처리한 경험과 한국 최초의 AI 특허 분쟁을 이끌어온 실무 역량으로, 기업의 지식재산 전략을 설계합니다. 매주 판례·분쟁 사례·기술 분석을 독립 저널로 전합니다.

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특허로 수십억 세액공제 받을 수 있다고?

📌 오늘의 핵심 팩트

PART 1. 정말 수십억원의 세액공제를 받는다고?

PART 2. R&D 세액공제, 어떤 제도인가요?

PART 3. 그럼 어떻게 증빙해야 세액공제 받을 수 있을까요?

PART 4. 변리사가 보는 인사이트 — 특허 신규성·진보성과 닮아있다